Tout savoir sur le microbiote

Le microbiote définit l'ensemble des micro-organismes - bactéries, virus, parasites et champignons non pathogènes , dits commensaux - qui colonisent un milieu donné. Le corps humain abrite plusieurs types de microbiote : cutané, buccal, vaginal, pulmonaire, entre autres. Parmi eux, le microbiote intestinal est le plus dense, renfermant entre 10¹² et 10¹⁴ micro-organismes [1].

Ces micro-organismes coexistent dans l'intestin, principalement au niveau du côlon et vivent en symbiose avec l'hôte humain : ils utilisent les résidus de notre alimentation comme substrat énergétique, et en retour ils jouent un rôle dans nos fonctions digestives, métaboliques, immunitaires et neurologiques.

Composition, diversité et développement du microbiote

Tout comme une empreinte digitale, le microbiote intestinal est propre à chaque individu. À l'échelle de l'espèce humaine, on estime qu'il regroupe entre 1000 et 1150 espèces bactériennes différentes. Chaque personne n'en héberge cependant qu'une partie, environ 160 en moyenne, constituant une combinaison unique influencée par de nombreux facteurs [2]. 

Dès la naissance, le microbiote d'un individu se met en place progressivement. Lors d'un accouchement par voie basse, il est d'abord colonisé par la flore vaginale et fécale de la mère, tandis qu'en cas de césarienne, les premiers micro-organismes proviennent essentiellement de l'environnement. Au cours des premières années de vie, sa composition évolue profondément sous l'influence de la diversification alimentaire, de la génétique, de l'hygiène, des traitements médicaux et de l'environnement. Une fois l'équilibre établi, il demeure globalement stable, bien que cette stabilité varie selon les individus. Des facteurs tels que certaines maladies, des traitements ou des modifications du mode de vie et de l'alimentation peuvent altérer le microbiote de manière temporaire ou durable. Chez la personne âgée, on observe souvent une diminution de la diversité bactérienne, associée à une fragilité accrue du système immunitaire et à une moins bonne tolérance digestive [1].

Un microbiote riche et diversifié est considéré comme un indicateur de bonne santé : la diversité microbienne reflète la stabilité de la flore et sa capacité à s'adapter aux variations de l'environnement digestif.

Répartition du microbiote intestinal dans le système digestif : source https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/

Fonctions physiologiques majeures du microbiote

Fonctions métaboliques du microbiote

Le microbiote intestinal vit en interaction constante avec notre organisme et puise son énergie dans les aliments que nous consommons, en particulier les fibres. En parallèle, il participe activement à la digestion. Pour accompagner le confort digestif au quotidien, découvrez notre collection de compléments alimentaires dédiés à la digestion.
Les micro-organismes qui composent les résidus alimentaires fermentants de notre système digestif ne peuvent se dégrader seul , rendant ainsi disponibles de nombreux nutriments. Grâce à leurs enzymes spécifiques, absentes des cellules humaines, ils assurent la décomposition de substances complexes comme l'amidon, la cellulose ou d'autres polysaccharides. Ce travail contribue également à la production de certaines vitamines, notamment la vitamine K et plusieurs vitamines du groupe B, ainsi que de trois acides aminés essentiels : la valine, la leucine et l'isoleucine. Enfin, le microbiote joue un rôle de régulation métabolique en influençant l'absorption des acides gras, du calcium, du magnésium et d'autres éléments indispensables au bon fonctionnement de l'organisme [1].

Fonctions immunitaires du microbiote

Le microbiote intestinal joue un rôle essentiel dans nos défenses immunitaires. Il forme d'abord une barrière contre les agents pathogènes naturels : les bactéries qui le composent occupent les sites d'adhésion sur la muqueuse et consomment les nutriments disponibles correspondant ainsi aux micro-organismes nuisibles de s'y installer. Elles produisent également des substances antimicrobiennes et stimulent les cellules intestinales à renforcer leurs jonctions ce qui limite le passage des bactéries indésirables. Mais le microbiote ne se contente pas de protéger : il éduque aussi le système immunitaire. Dès la naissance, il aide l'organisme à apprendre à reconnaître les bactéries amies des bactéries pathogènes. Sans microbiote, comme on l'a observé chez des animaux élevés en milieu stérile, le système immunitaire reste immature et moins efficace [1] [2].

Fonctions neuro-intestinales du microbiote

Le microbiote intestinal joue un rôle essentiel dans le dialogue entre l'intestin et le cerveau, connu sous le nom d'axe intestin-cerveau. Les bactéries intestinales produisent diverses molécules, notamment des acides gras à courte, des neurotransmetteurs et certaines hormones, capables d'influencer l'activité du système nerveux. Ces signaux empruntent principalement le nerf vague, principal canal de communication entre les deux organes. En retour, les émotions, le stress ou certains troubles nerveux peuvent modifier la motricité digestive et la composition du microbiote. Cet échange constant montre que l'équilibre de la flore intestinale contribue directement au bon fonctionnement du système nerveux et participe à la régulation de nos états physiologiques et émotionnels [3] [4].

La dysbiose : déséquilibre du microbiote

Le terme dysbiose désigne une altération qualitative ou fonctionnelle du microbiote intestinal . Ce déséquilibre peut prendre plusieurs formes :

• Une diminution de la diversité bactérienne commensale ;
• Une prolifération d'espèces opportunistes pouvant devenir pathogènes ;
• Ou une modification des activités métaboliques, entraînant une production différente d'acides gras, de gaz ou de métabolites pro-inflammatoires.

Ces modifications ne se produisent pas au hasard. Plusieurs facteurs environnementaux et comportementaux contribuent à fragiliser l'écosystème intestinal. 

L'antibiothérapie (ATB) 

Les antibiotiques constituent une classe de médicaments essentiels et parmi les plus efficaces en médecine. Cependant, leur action ne se limite pas aux agents pathogènes qu'ils ciblent. Lors d'un traitement, une partie des antibiotiques administrés n'est pas entièrement absorbée dans l'intestin grêle et atteint le côlon, où elle entre directement en contact avec le microbiote intestinal. Cette exposition peut provoquer une diminution marquée de la quantité et de la diversité bactérienne et perturber l'équilibre de l'écosystème intestinal. Si la majorité des espèces se rétablissent au fil du temps, les études montrent qu'après un traitement antibiotique, le microbiote conserve des différences mesurables pendant plusieurs jours à plusieurs semaines. Lors de traitements répétés au cours de la vie, ces modifications peuvent devenir plus stables et contribuer à une évolution progressive et définitive du microbiote, éventuellement délétère. Ceci illustre la sensibilité et la forte réactivité du microbiote à ces traitements, soulignant la nécessité d'un usage raisonné [1] [5].

L'alimentation déséquilibrée

L'élément le plus déterminant pour la santé du microbiote reste le régime alimentaire  : il exerce une influence majeure sur sa composition et son équilibre. Une alimentation pauvre en fibres et en végétaux, et riche en graisses saturées, en sucres simples ou en produits transformés modifie la disponibilité des nutriments dont dépendent les bactéries intestinales. Les espèces bénéfiques voient leur activité diminuer, tandis que d'autres, plus opportunistes, se développent. Cette modification progressive de la composition bactérienne entraîne une baisse de la diversité microbienne et altère certaines fonctions essentielles du microbiote, notamment la protection de la muqueuse intestinale, la régulation des réponses immunitaires et la fermentation des substrats non digestibles. À plus long terme, ces perturbations peuvent favoriser une sensibilité aux agressions extérieures et un état inflammatoire au niveau de la paroi intestinale. À l'inverse, une alimentation riche en fibres végétales et en aliments peu transformés soutient la diversité microbienne et contribue au maintien des fonctions protectrices et métaboliques du microbiote [6] [7] [8].

Le stress et le rythme biologique

Le stress et le rythme biologique exercent une influence majeure sur le microbiote intestinal, modifiant son équilibre et, par conséquent, l'état de santé général. Lorsque nous sommes soumis à un stress chronique, le corps produit davantage de cortisol, l'hormone du stress, qui perturbe la composition du microbiote en favorisant la prolifération de bactéries nuisibles aux dépens des bactéries bactériennes. Ce déstabilise la barrière intestinale et favorise l'inflammation locale. Inversement, le microbiote joue un rôle dans la manière dont l'organisme réagit au stress. Les bactéries intestinales participent à la production de substances comme la sérotonine ou le GABA, qui influencent directement les circuits nerveux du stress et de l'anxiété.

Le microbiote est également sensible à l'horloge biologique et aux cycles veille-sommeil. Ainsi, un rythme de vie déréglé (travail de nuit, décalage horaire, repas décalés) perturbe l'activité des bactéries, qui ont elles-mêmes un cycle, aggravant alors les effets du stress et le déséquilibre du microbiote [9] [10].

L'âge, les infections, la sédentarité et les facteurs environnementaux

En vieillissant, la diversité bactérienne tend à diminuer, ce qui rend l'intestin plus vulnérable et expose l'organisme à davantage d'inflammation et d'infections [11]. Les infections, surtout digestives ou chroniques, perturbent l'équilibre des bonnes et mauvaises bactéries, parfois de façon durable. Enfin, divers facteurs, comme la pollution, le tabac, la consommation d'alcool ou encore des traitements médicaux (antiacides, anti-inflammatoires…), peuvent altérer la composition du microbiote et favoriser l'apparition d'une dysbiose [12]. L'activité physique via la contraction musculaire et la consommation d'oxygène qu'elle engendre peut également induire des changements dans le profil du microbiote intestinal et avoir un impact positif sur celui-ci. La sédentarité peut donc être un facteur de risque de déséquilibre du microbiote intestinal [13] [14]. 

Les conséquences potentielles d'une dysbiose

Manifestations précoces ou fonctionnelles d'une dysbiose

Ce sont les signes initiaux d'un déséquilibre intestinal. Ils entraînent une perturbation du microbiote sans nuire durablement à la santé globale et sont généralement réversibles : 

• Troubles digestifs légers : ballonnements, gaz, digestion lente, douleurs abdominales ou alternance diarrhées/constipation ; 
• Fatigue ou sensation de lassitude ; 
• Troubles cutanées mineures : apparition ponctuelle de boutons ou d'irritations légères.

Conséquences installées ou durables  

Lorsque la dysbiose persiste, la composition du microbiote peut changer de manière plus structurelle, entraînant des répercussions plus globales :

• Inflammation chronique et perméabilité accumulée de la paroi intestinale ; 
• Troubles métaboliques : prise de poids inexpliquée, obésité, diabète de type 2, et autres troubles métaboliques ; 
• Troubles de l'humeur et du système nerveux : anxiété, dépression, troubles du sommeil, augmentation du stress, voire implication dans des maladies neurodégénératives selon certaines études [1] ; 
• Atteintes cutanées persistantes : acné chronique, eczéma, psoriasis, rosacée, reflétant un état inflammatoire global ; 
• Affaiblissement des défenses immunitaires : infections fréquentes, allergies, intolérances nouvelles ; 
• Carences nutritionnelles dues aux difficultés d'absorption des nutriments. 

La dysbiose n'est pas une maladie unique : elle résulte d'un ensemble de facteurs (alimentation, antibiotiques, infections, stress, environnement) et varie selon les individus.

Comment prendre soin de son microbiote ?

Des habitudes simples peuvent aider à maintenir un microbiote équilibré. 

• Privilégier une alimentation riche en fibres : les fruits, légumes, légumineuses, céréales complètes (riz brun, pain complet, flocons d'avoine) et des légumes prébiotiques comme l'ail, l'oignon, les topinambours, les artichauts et les bananes peu mûres .
• Consommer des aliments fermentés : yaourt fermentés, kéfir, choucroute, kimchi ou miso riches en probiotiques.
• Limite les aliments ultra-transformés et riches en sucres ajoutés.
• Boire suffisamment d'eau et limiter l'alcool.
• Maintenir les horaires de repas réguliers.
• Limiter la prise d'antibiotiques : utilisation uniquement lorsque nécessaire et prescrit par un médecin.
• Pratiquer une activité physique régulière : viser environ 150 minutes d'activité modérée par semaine complétées par des exercices de renforcement.
• Mettre en place une routine de sommeil régulière : même heure de coucher et de réveil.
• Appliquer des techniques de gestion du stress : méditation, respiration, activité relaxante…

Le microbiote intestinal est un partenaire clé de notre santé. Il aide à digérer, protège nos défenses naturelles, participe à la régulation du poids, de l'humeur et de l'immunité.

Mais il reste fragile : l'alimentation, le stress ou certains traitements peuvent le déséquilibrer. Un apport ciblé en micro-organismes bénéfiques peut alors contribuer à soutenir l’équilibre de la flore intestinale. C’est dans cette optique que Nat&Form a développé ATB Flore Intestinale, une formule associant plusieurs souches microbiotiques sélectionnées pour accompagner l’organisme pendant et après la prise d’antibiotiques et aider à préserver l’équilibre du microbiote.

Sources 

[1]Inserm. Microbiote intestinal (flore intestinale), une piste sérieuse pour comprendre l'origine de nombreuses maladies (2022). https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/#un-%C3%A9cosyst%C3%A8me-unique-form%C3%A9-d%C3%A8s-la-naissance. 

 [2] Landman, C. et Quévrain, E. (2016). Le microbiote intestinal : description, rôle et implication physiopathologique. La Revue de médecine interne, 37(6), 418-423.

 [3] Cryan, JF, & Dinan, TG (2012). Micro-organismes altérant l'esprit : l'impact du microbiote intestinal sur le cerveau et le comportement. Nature reviews neuroscience, 13(10), 701-712.

 [4] Carabotti, M., Scirocco, A., Maselli, MA, & Severi, C. (2015). L'axe intestin-cerveau : interactions entre le microbiote entérique et les systèmes nerveux central et entérique. Annals of gastroenterology : publication trimestrielle de la Société hellénique de gastroentérologie, 28(2), 203.